Minato Arisato est de retour dans la ville de son enfance dix ans après la mort de ses parents. Il intègre le lycée Gekkoukan et s’installe dans un dortoir dont les occupants semblent avoir des dispositions hors normes. Minato ne tarde pas à être le témoin de phénomènes étranges lorsque sonne la 25e heure, celle des ombres. Seuls quelques élus ont conscience de ce qui se trame.