A Ego, vingt ans plus tôt, des Amanto, créatures extraterrestres, se sont emparées du pouvoir et ont interdit le port du sabre. Depuis, les samouraïs sont sur le déclin. Un garçon, Gintoki Sakata, a conservé son âme de samouraï. Il a aidé la soeur de Shinpachi, son collaborateur. Kagura, une fille imprévisible, s’est jointe de force à eux et travaille pour Gintoki.