Komaru Naegi vit depuis un an dans un complexe d’appartements où elle a été emprisonnée. Le jour où elle parvient à s’enfuir, elle découvre que la population est en passe d’être décimée par les monokuma. Secourue par Toko Fukawa, une étrange jeune fille qui se joint à elle, Komaru espère réussir à fuir la ville de Towa. Toutes deux doivent combattre de redoutables adversaires pour y parvenir.